地下水是本市供水水源的重要组成部分，占全市供水量的60%以上。2014年南水北调江水进京后，地下水仍将占全市供水量的50%左右。随着城市规模扩大和人口急剧增长，本市浅层地下水污染严重，进而威胁地下水饮用水水源地的安全。
《方案》要求本市编制地下水资源保护规划，划定集中式饮用水水源地保护区，核定地下水超采范围，严格控制地下水超采。综合整治458个规模以上和1711个规模以下非正规排污口污水直排，杜绝新增非正规排污口，强化属地责任，发现一个，治理一个。
据了解，北京的高尔夫球场主要使用的都是地下水，最直接的恶果就是造成地面沉降。2004年，国务院就下发了《关于暂停新建高尔夫球场的通知》，要求一 律不得批准建设新的高尔夫球项目，但此后几年，全国高尔夫球场的数量翻了几倍。此次《方案》要求，严格监控高尔夫球场污染，研究制定6家位于饮用水水源保 护区的高尔夫球场退出计划和方案。在退出前，加大监管力度，严控化肥农药施用，禁止施用高污染、高残留的农药；完善球场防渗设施建设，确保不造成环境污染 和影响水源安全。严格禁止新建高尔夫球场。
垃圾填埋场也是对地下水造成污染的又一个“场”，《方案》要求两年内彻底清除253处非正规垃圾填埋场，消除垃圾渗滤液对地下水的污染，杜绝新增非正规垃圾填埋场。
